Nació en 1796, hijo de Leonardo Flores Alcalde. Fue administrador de la hacienda de Santa Catalina del Álamo en 1828; adquirió en 1836 el concurso a bienes de Velasco y Restán sobre las haciendas de San José de Ramos, San Juan de Casta, San Juan de Avilés, terrenos de Tlahualilo y Bolsón de Mapimí; arrendó la hacienda de la Zarca. Compró la hacienda de la Purísima Concepción de la Estanzuela, la Ferrería de Flores y levantó la casa en 1855; el gobierno calculaba su capital en 1’000,000 de pesos en 1862 con fines de préstamos para las guerras. Fue nombrado coronel por sus actividades militares contra los comanches; reconoció el Plan de Ayutla el 13 de agosto de 1855. Se afilió a la causa del Imperio de Maximiliano por lo que le concedió la cruz de caballero de la orden imperial de Guadalupe (El Telégrafo, 31 de enero de 1866). Al triunfo de la república se le confiscaron sus tierras y luego se le devolvieron con excepción de la hacienda de San Fernando. Estuvo casado con Luz Quijar Alcalde, originaria de San Miguel del Mezquital, Zacatecas, con quien procreó seis hijos: Juan Francisco, Miguel, Juan Fernando, Juan Nepomuceno, María de los Ángeles y Rosa de Jesús Flores y Quijar. Falleció en 1886. Luz Quijar falleció el 1 de agosto de 1888 de 77 años, fue sepultada en el panteón de Ferrería.